天赋强化是提升战斗力的核心途径，通过合理选择能力可以显著增强忍者的输出、生存和功能性。秘卷流的核心在于强化秘卷伤害和冷却缩减，拿到秘卷连发、秘卷魔化等能力后，一字连柱或土遁·土流枪等秘卷的爆发堪比奥义，后期甚至能靠秘卷清屏。这类天赋适合喜欢稳定控制的玩家，但需要前期猥琐发育等待关键能力成型。
奥义流依赖邪化查克拉和永恒查克拉等天赋，大幅提升奥义伤害和能量恢复速度。选择这类天赋后，奥义技能会成为主要输出手段，配合减替身术CD和奥义回血能力能提高容错率。不过要注意独臂系天赋存在陷阱选项，比如独臂·滑稽会导致无法移动，需要仔细阅读说明再选择。这类玩法对走位要求较高，适合熟悉BOSS机制的玩家。
近战流派以岩落之拳、无臂·均衡等天赋为核心，通过普攻就能打出爆炸伤害。恢复之拳能保持血量健康，假死天赋则提供保命机会。这种玩法操作简单，只需普攻和奥义交替使用，但对忍者基础属性要求较高，后期容易被高伤BOSS秒杀。建议搭配猿魔或镰鼬等战斗伙伴补充控制。
功能性天赋如蛤蟆龙的减CD效果、三代目的关卡情报提示等，能间接提升整体战力。环境之力系统通过消耗试炼之石增强基础属性，对解锁的远程忍者尤其重要。献祭房间用属性换能力的机制需要谨慎权衡，而幻神房间的祈祷则适合追求极限强化的玩家。这些天赋虽然不直接增加伤害，但能优化战斗节奏。
隐藏内容解锁是天赋系统的延伸，比如凑齐强者秘籍可进化百豪樱，触发秽土斑关卡需携带英雄之证。通过幻之任务获得的翻转型、置换型等特殊能力，能为后期关卡提供质变效果。记住多尝试不同天赋组合，有些冷门能力在特定流派中可能发挥关键作用。
