隐藏任务分为区域隐藏关卡、悬赏令隐藏挑战、剧情分支隐藏委托三类，所有隐藏内容不会主动弹窗提示，必须完成前置条件才可以触发解锁，完成全部隐藏任务可以拿到额外的夜隐重霞角色碎片、水晶以及忍法帖养成材料，大幅加快角色的免费获取进度。
地图六大探索区域内，每一片区域都设置一处隐藏关卡，常规通关三个普通关卡击败区域BOSS之后，隐藏关卡入口才会刷新在地图边角点位，并非通关主线就自动开启。每一处隐藏关卡附带隐性挑战条件，例如限定使用夜隐重霞完成通关、限时内清除全部小怪、不承受指定BOSS技能伤害，只有达成附加条件，才算完成该区域隐藏任务，单纯通关关卡无法领取隐藏奖励。全部六个区域的隐藏关卡依次通关完毕后，会解锁终极悬赏隐藏任务，击败悬赏目标苦世傀偶、通灵妖兽，能够一次性领取大量活动代币，用来兑换角色晋升碎片。部分区域点位存在隐藏交互NPC，在清理完所有战斗点位之后，再次点击地图上的可交互建筑，会触发对话类隐藏委托，很多玩家会直接跳过对话，错过这部分任务奖励。
除了地图关卡任务之外，网页端忍者修行属于容易被忽略的隐藏任务板块，活动主界面之外的修行页面内，存在隐藏高阶委托任务。普通每日委托可以直接领取，高阶隐藏委托需要将八重樱的忍者属性提升至指定数值之后才会刷新，优先消耗忍者达摩完成修行，提升耐力、敏捷两项属性，即可解锁高收益隐藏委托。这类委托无法在游戏内活动面板查看，每天仅可接取一次，完成委托获取的秘法卷轴，能够兑换夜隐重霞补给卡，属于零氪玩家扩充抽取次数的关键途径，遗漏后会缺少部分角色获取资源。另外角色养成板块也存在隐藏限时任务，使用夜隐重霞通关任意活动关卡，并且把角色技能提升至指定等级，隐藏成就任务才会激活，可领取金币、高级技能材料等养成资源，没有完成前置出战条件，成就入口不会显示。
完成所有隐藏任务时，资源分配也需要做出对应调整，优先通关区域隐藏关卡，再完成网页修行委托，最后完成角色养成隐藏成就。忍法帖的词条优先点选增伤、减伤词条，降低隐藏关卡的通关难度，所有隐藏奖励拿到的活动代币，优先兑换夜隐重霞碎片，其次兑换圣痕、养成材料。所有隐藏任务全部完成之后，活动商店的全部可兑换奖励才会解锁，避免出现代币充足却无法兑换道具的问题。
