发现避难所被入侵时，你的首要行动是充分利用大门区域的缓冲作用。入侵者通常会在门口进行一波攻击后才真正进入，这为你赢得了关键的调度时间。初期不必急于升级大门，节省下的资源应用来在紧邻大门右侧建造一个三联大房间，并将其设置为防御核心。第一时间将你手中武器最好的居民——通常建议是六名装备了至少6点以上攻击力武器的居民——调入这个房间严阵以待。合理的建筑布局本身就是强大的防线，将大门后的首个房间设置为你的预设战场，可以有效地将入侵者控制在一定范围内，避免其毫无阻碍地深入避难所下层的关键设施，造成更大破坏。
你需要确保每个房间都有足够且具备战斗力的居民，理想状态下每个房间应配备二至三名武装居民。战斗人员的属性搭配至关重要，力量属性直接影响到攻击伤害，敏捷属性则关系到攻击速度和暴击几率，而耐力决定了居民的生命值上限。在入侵发生时，怀孕的女性居民和儿童没有战斗能力，他们会自动逃跑或躲藏，你需要及时将其他空闲的居民或邻近房间的居民拖拽至交战区域进行支援。注意在战斗过程中时刻关注居民的血量，并使用治疗针进行紧急恢复，防止居民倒地，因为复活他们需要耗费大量瓶盖。
针对入侵者的行为特点制定防御策略能有效减少损失。入侵者在避难所内会沿固定路线推进，并洗劫所经过房间的生产资源。基于此，一个实用的技巧是将大门后的第一间防御室设为餐厅，因为食物资源被掠夺一些的严重程度相对较低，只要水和电力供应不受影响，食物可以较快恢复生产。战斗结束后，务必记得点击倒地入侵者的尸体进行搜索，你通常会获得瓶盖，有时还能找到装备甚至制造配方，这些战利品能很好地补充你的资源储备。及时清理战场上的尸体也很重要，否则会影响其他居民的心情。
避难所发展，你需要为更高级别的威胁做好准备。当人口增长到一定规模，例如超过35人时，可能会出现如死爪这样的强力入侵者。此时你的防御体系需要进一步强化，中层区域也需要布置可以轮换承伤的防御小队，并保证医务室储备充足的消辐宁和治疗针，以应对可能造成的辐射伤害和大量失血。长期的防御基础在于全员武装，确保新居民也能迅速从仓库获得武器，并让高属性的居民专注于训练和制造，从而维持整体战力始终高于可能面临的入侵强度。通过提前规划建筑布局和人员职责，你可以将防御入侵从被动应对转变为主动控制。
